11월. 초거대축제 '일단람제'의 계절이 찾아왔다.

그런 가운데 간신히 학원도시로 돌아온 카미조 토우마.

러시아에서 일어난 제3차 세계대전이 원인이 된 '그렘린 원정'을 지나,

마침내 인덱스나 미사카 미코토와 훈훈하고 평온한 일상이 돌아왔다─.

그렇게 낙관하고 있던 카미조 토우마지만 의외의 인물이 등장해 그 바람은 허무하게 무산되는데?!

그의 앞에 나타난 최강의 '적'이란?

셀프 미아 메이커 프레메아의 보호자가 되어 학원도시 안을 뛰어다니는 하마즈라 시아게,

라스트 오더를 돌보느라 인내가 한계에 달하는 일상을 보내는 액셀러레이터,

재활치료를 하는 김에 직접 요리를 만드는 레벨 5(무기노 시즈리) 등등…,

학원도시를 무대로 '신약' 시리즈는 새로운 전개에 돌입!!